Хотим полететь до Бангкока из Новосибирска через Мьянму, в официальных источниках вроде как пишут, что "транзит" через страну запрещен, при этом в других источниках читаю, что все благополучно летят в Таиланд и проблем не возникает.

Транзит в Таиланд без проблем, никаких ограничений. 30-дневный срок начинается заново с момента въезда в Мьянму. То есть Вы теоретически можете находиться без виз в Мьянме 30 дней, затем 90 дней в Таиланде, потом снова 30 дней в Мьянме и так далее. Некоторые так в ЮВА годами живут.

Транзит - это когда вы не пересекаете границу и перемещаетесь только в транзитный зоне. Так вот да, в Мьянме нет транзита. Вам нужно въехать в страну и выехать из неё. Хотя бы в пределах аэропорта.