Не подскажите с гражданством РФ и с просроченным молдавским паспортом на самолете не будет проблем долететь до Молдавии ? И лучше рейсом через Армению или Турцию?

У вас не будет других вариантов, кроме как через Турцию/Армению/Азербайджан.

Если загран РФ действителен еще минимум 5 месяцев, то можно и через Турцию или Армению самолетом. Паспорт МД покажете только в Кишиневе вместе с РФ. Проблем не будет.