Можно ли привезти в Литву новый айфон в упаковке ( везу в подарок ), еду поездом СПб - Калининград , выхожу в Кяне?

Можно.

Формально вы имеете право без уплаты пошлины ввозить в Литву по земле товары на сумму не более 300 евро. Вроде бы таких дешевых iPhone не бывает уже. По закону следует задекларировать.