Если открыл ИП в Грузии, живу в Грузии и получаю доход от иностранных компаний, но ещё являюсь налоговым резидентом РФ, то должен платить налоги за ИП 1-3% в Грузии и ещё НДФЛ 13% в РФ?

Почему в Грузии 1-3%? 3% - только на сумму превышения 500 к лари в год при малом статусе в первый год превышения. Если Вы изначально регистрируете ИП с м алым статусом, предполагая, что превысите 500 к лари, это уже нарушение законодательства. Превышение в данном случае не может быть запланированным, так можно и под уголовку попасть. При превышении суммы неуплаченных налогов в 100 к лари натспуает уголовная ответственность.