Если в ф4 стоит номер рейса для пересадки, и на эту пересадку не успеваешь и меняешь билеты (соответственно и рейс), что то нужно делать со справками?

Лететь по этой же справке, вы нигде не успеете переделать уже справку. скорее всего, даже проверять не будут, в стамбуле нет ветконтроля. максимум номер чипа посмотрят или паспорт.