Подскажите, пожалуйста: мама выезжает в Эстонию с двумя маленькими детьми из РФ. Все имеют двойное гражданство- РФ и Италия.

Его же будут по рф паспорту выпускать из россии.

На российской границе выпускают по российскому загранпаспорту. Вопрос, впустят ли Эстония, стоит задать самостоятельно пограничной службе Эстонии.

Если на слёзы не поведутся, то возвращаетесь и делаете бумагу в ит. консульстве на въезд, либо летите через турцию, туда итальянцам можно по IDcarta летать.

99% что надо было бы сразу получить справку в посольстве.

Вы можете посоветоваться с посольством Италии в Таллине. Или в Москве (если Итальянцы могут иметь второе гражданство другой страны, то и паспорт сможет оформить итал. консульство в М.)