Что делать если просроченная виза, но нужно вылететь в РФ ? Меня пропустят на стойке регистрации?

Вас выпустят, конечно же. Никто держать не будет, Вы ж сами вылетаете) Вопрос в нарушении визового режима. Если пара дней, ничего, скорее всего. Больше-можете не получить визу на Кипр , попадаете в стоп лист.