Подскажите, пермит не входит в 180 дней?

Входит. Будут считать ваше фактическое нахождение в стране в течении календарного года. Но это будет актуально, если Вы вылетите по пермиту, захотите залететь назад, а вы уже находились в этом году 180 дней. Если не вылетете, скорее всего так и будут их продлевать, пока есть основания.