Есть ли шанс что после отказа в шенгенской визе в Чехию, дадут отказ на рабочую визу в Чехию?

Насколько я знаю, нет, т к разные типы виз.

Зависит от причин отказа Если отказ просто по пунктам что цель поездки не смогли обосновать, то шанс есть, почему нет Если отказали как угрозе безопасности, то шанс даже обычный шенген другой страны получить в ближайшие несколько лет становится очень мал.