Подскажите, возможно подать на визу Токио без присутствия? через визовые центры или агентов? у кого есть опыт?

Всегда оформляю через турфирму, в моем случае это neotourist (неотур) собираете нужные доки, они вам помогают и подсказывают что надо и как правильно сделать. Далее с курьером через тот же сдэк отправляете им документы. Можете через pony express (позвоните им и они вам объяснят как им отправить документы)

Можно, рукописная доверенность. Лично спрашивала в консульстве.