Подскажите пожалуйста, подавался в октябре месяце в Каунасе на Литовский ВНЖ по работе, но потом поменялись обстоятельства и я от него отказался, могу ли я вернуть оплаченную пошлину?

По идее оплачивается процесс обработки заявления, а не факт получения. Т. е. вы воспользовались оплаченой услугой подав документы... имхо.

Обратитесь к ним за разъяснением по почте можно или нет вернуть, конкретно в вашем случае.