У кого есть ИП в Грузии, подскажите, пожалуйста, по поводу контракта с компанией. В моем контракте указан такой раздел - рабочее время и отпуск.

Если вы контактор те ИП - то вполне могут быть так как это признак что вы сотрудник компании. У ип не должно быть отпуска и тд.

Если проверят договор - скорее всего будут, т. к. это уже признак наёмного рабочего, а не индивидуального предпринимателя.