Почему не выгодно работать как ИП в Европе с заказчиками из Европы? Например, если ИП в Чехии, заказчик из Германии, там что-то по налогам?

Не во всех странах Европы в принципе можно открыть ИП. Я на Кипре не могу, например, пришлось открывать Грузинское. ИП на Кипре только для граждан ЕС, а открывать компанию — уже слишком.

Да в целом так работать очень хорошо, как вы написали. Только вот ИП в Чешской республике кажись посложнее будет открыть чем в Грузии.

Для открытия ИП в Чехии необходим местный ВНЖ. он у вас есть? если да, то конечно с чешским ИП будет круче.

Налог 15 % + трудности с открытием.

VAT еще появляется, если заказчик из ЕС. А это постановка на учет, как плательщика, + отчеты. Ну и если у вас услуга, то и компенсировать этот VAT нечем. Грубо говоря +~20% к налогам.