При оплате картой на которой только доллары показывает минус в лари. Это несёт какие-то риски или доп траты? Или достаточно пополнить счёт в лари или сконвертировать внутри счета? Счёт ИП.

Лучше конвертировать доллары в лари руками, так как автоматическая конвертация выйдет дороже.

В течение суток автоматом сконвертируется из долларов в лари, чтобы покрыть минус вроде как курс при автоконвертации хуже, чем при ручной.

Нет не несёт, деньги сконвертнутся в момент фактического списания после холла, обычно 48 часов.