Подскажите, пожалуйста, если один день можно выделить на поездку из Токио куда-то за пределы мегаполиса, что выбрать - Киото, Нару или поближе Никко? Или какие-то еще места?

Камакура норм если хочется храмов, природы и моря. На Киото надо больше чем день, Нара далековато. Киото.

А на Фудзи не хотите?) И близко, одним днем можно, и круто)

Была в камакура, очень понравилось, закат на эношиме-там рядом , где башня, видно Фудзи.

Лучше близлежащие города, как выше писали Камакура - супер вариант. Для Киото и 3х дней будет мало, а вот Нара на 1 день очень даже, но придётся ехать, тк от Токио далеко расположен.