Планирую ехать на Lux Express из Таллина до Санкт-Петербурга, а оттуда сразу на поезде до Москвы. Автобус приезжает в Питер на автовокзал в 5: 30.

Он может и позже приехать из-за погоды, аварий или задержки на границе. Час и 20 минут.... Я бы не рисковал. Заложил бы ещё час. Лучше на вокзале кофе попить, чем деньги потерять.

От автовокзала на такси мин 10-15. но! Проход в вокзал (лента с багажом), проход по вокзалу до перрона, поиск платформы и тд и тп. Я всегда закладываю, например, на Ладожский вокзал минимум 15 мин. и то только потому что знаю его и мой поезд всегда уходит с одного и того же пути. Здесь вокзал в пару раз больше. Плюс не забываем, что надо еще выйти из автобуса, взять багаж и выйти с территории автовокзала. Еще плюсуем минут 15. Ожидание такси - ещё мин 10-15. Вот и считайте.

От автовокзала до Московского вокзала можно и на трамвае. 3-4 остановки. Если билет на поезд покупаете, то можно купить с возможностью возврата средств или купить билет с запасом по времени, и поменять в кассе вокзала на ранее отправляющийся поезд с небольшой доплатой.