Если я открыл ИП в Грузии с сентябре, малый бизнес начинает действовать с октябре. Как мне отчитаться за сентябрь (доходов нет)?

Общий режим подразумевает годовую декларацию. Если у вас не было доходов, то не нужно подавать общую декларацию. Только по малому.

Мне бухгалтер сказала не ставить галочку “Декларирование” в кабинете налоговой, а поставить её в октябре. Типа тогда за сентябрь не надо пустую подавать.