Если шенген не просрочен, выезд и обратный заезд действительно может вызвать вопросы со стороны СЕФ в португалии?

Мне говорили, что да. Но логика подсказывает, что если вы просите вид на жительство, то вы должны здесь жить) У меня статья 89.2, т. е. я должен работать, находясь в Португалии, ежемесячно выставлять ресибо, платить налоги здесь. Выезд по экстренным причинам (подтвержденными официальными справками) наверное допускается, но я бы не рисковал.