Для получения ВНЖ с помощью ИП нужно чтобы доход за 12 месяцев достиг 50к лари. Подскажите пожалуйста, что считается доходом в данном случае?

Может перечислять и на другие р/сч, но Вам, как грузинскому ИП, например, и 50к лари должно пройти по грузинским счетам, и налоги должны быть оплачены на нужную сумму в Грузии в соответствии с Вашей системой налогообложения здесь.