Перелеты животных где-то фиксируются? То есть если животное с российским паспортом слетало в Кыргызстан, а потом летит из России в ЕС, можно ли узнать, что оно путешествовало в Кыргызстан? путешествую с питомцем

Только если вы ставили прививки или что-то еще, что отображается в паспорте с печатями.

Только косвенно, если животное вакцинировалось в Кыргызстане. А так - не увидят.

Отметка в паспорте будет Осмотра другой страны.