Подскажите пожалуйста: возникнут ли проблемы на погран контроле при выполнения маршрута Стамбул-Амстердам-Лима (пересадка в Амстердаме) в случае если нет шенгенской визы?

Запросто могут не посадить на рейс.

Чтобы вас посадили без визы и не было проблем должны выполняться следующие условия: пересадка должна быть без смены терминала, в аэропорту должна быть транзитная зона, вы должны находиться там не более 24 часов. Все это лучше уточнить в авиакомпании. Билеты там разные. У вас должен быть один посадочный талон. Чтобы Вам в Амстердаме не пришлось заново получать и сдавать багаж, выходить из транзитной зоны и проходить паспортный контроль. В Стамбуле на это будут смотреть.