Скажите: если документы поданы в СЕФ (по 89.2), при этом не было оверстея и шенгенская виза еще действует 1,5 года, то можно ли выезжать из Португалии? Или же процесс в СЕФ обнуляется?

Вроде бы пока не зафиксировано случаев обнуления процесса, хотя некоторые эксперты считают, что к вам могут быть вопросы на интервью. Плюс, не исключено что после превращения SEF в AIMA что-то может измениться. Формулировка закона там к сожалению оставляет простор для воображения.