Кто нибудь может подсказать, ситуация следующая: планирую вылетать из Стамбула в Барселону транзитом через Афины.

В Афинах. Штамп в паспорте греческий. В Испании контроля не будет уже.

По правилам использования шенгенской визы у вас никаких нарушений. Погранконтроль осуществляется в первой стране вьезда в шенген, так что он будет у вас в Греции, а далее у вас внутришенгенский рейс ( вычислять по прилету в Испанию, там из шенгена прилетел, а кто нет, чтобы отправить на контроль, как вы понимаете, проблемно и этого делать не будут). Имейте на руках перед погранконтролем подтверждение вашего дальнейшего следования в Испанию.