Вопрос по WES: жена гражданин РФ, но ранее жила в Украине, диплом был получен там же. Подаваться будет как гражданин РФ.

Неправильно поняли. Отчёт будет выписан на ИФ, указанные при регистрации аккаунта. Если есть возможность переводите ИФ в дипломе и создавайте аккаунт в WES на ИФ как в действующем загране.

У нас такая же ситуация. Мы переводили по актуальному загранпаспорту РФ.