Дата регистрации (уведомления о прибытии) вышла 12.11 числа. Мужу работодатель сделал рвп - там стоит с 7.11 числа, а у сопровождающего члена семьи - в рвп дата с 14.11. То есть, 2 дня просрочка получилась. Подскажите, - как быть?

Просрочка чего? Дата в уведомлении ничего не означает кроме как даты когда собственник сообщил, что к нему заселился иностранец.

Нормально все у вас. Вы же сначала заселяетесь. Вам делают уведомление. Потом РВП делаете. Вы можете менять квартиру, у вас будет новое уведомление с даты заселения до конца РВП.