Подскажите, можно счета по autonomo выставлять на wise в долларах, менять на евро, а потом переводить ббва?

По идее да.

Если в долларах фактуру выставляете, то нужно будет по курсу ЕЦБ на день выставления фактуры налоги заплатить. Не знаю как точнее изъясниться. Т. е. Получили 1000 долларов. По курсу ЕЦБ это 990 евро. Но вы с учетом конвертаций получите всего 980 евро, например. Налоги вы все равно должны будете платить с 990 евро. В конце года можно как-то вернуть переплату. В целом настоятельно рекомендую с хестором пообщаться на эту тему.