По прошествии срока рассмотрения статус же не меняется автоматически, если silencio negativo? Пока en trámite, это значит ещё не автоматический отказ?

Автоматически никаких одобрений и отказов по прошествии дедлайна нет.. в случае даже позитивного админ молчания нужно отдельно запрашивать решение по молчанию. Решение по существу можно вынести с опозданием. Прим. "обязаны вынести" несмотря на сроки. Причём как при негативном молчании отсутствие ответа не означает отказ, так порой и при позитивном молчании отсутствие резолюции по существу не равно 100% одобрение при определенной смекалке экстранхерии. Просто ждать..