Подскажите, если я получаю внж Австрии в последний 90ый день пребывания по визе С (но так она ещё полгода действительна), мне нужно будет выезжать из шенгена или как-то иначе закрывать её?

Нет, не нужно.

У вас же будет стоять дата получения внж того 90го дня.

Это визу Д магистрат может погасить и выезжать никуда не нужно. А виза С у вас останется незавершённой, формально это нарушение.