А можно с обычным тур шенгеном через любой немецкий город заехать в Прагу на поезде? Или автобусе? Пустят ли? И на чем лучше пересекать границу? И если я окажусь в Праге меня заселят в отель?

Можно на чём угодно, в отель поселят.

На границах никто не проверяет, только ГИБДД может быть хуже при проверке на дороге. Едем в Польшу за более дешевым дизельным топливом, превышаем лимиты... а в Чехии ничего не происходит.