Планирую путешествие Москва-Пхукет-Гонконг-Сингапур-Бангкок ( все перемещения по воздуху, в Сингапуре на 96 часов без визы по VFTF).

Гонконг же получается китай. Для тайланда третья страна.

Если речь идёт о перелёте Китай - Сингапур - Гонконг (Макао) или обратно. В иных случаях является. Обратите внимание также, что если перелет, условно, Москва - Пекин (пересадка) - Сингапур, то первой страной считается Китай, не смотря на то, что это только пересадка и вы Китая даже один глазом не увидите.