Перелет Москва - Санья, одной авиа, с пересадкой в Пекине. Виза есть. Правильно понимаю, что в Пекине проходим через транзит к новому гейту? Регистрацию на рейс дополнительно проходить не требуется, можно на 2 рейса сразу в Москве?

Транзит для международки. У вас далее внутренний рейс. На выход в город, скорее всего.

Очень мало времени, а у пограничников бываю очереди поэтому возможно придется просить, чтобы вас пропустили. Если что попробуйте обратиться к персоналу.

Обычно если одна авиакомпания с непродолжительной пересадкой, то регистрируют сразу до конечного пункта назначения, включая багаж (обязательно уточнить на стойке регистрации), т. е. в Москве вам выдадут два посадочных, в том числе и на второй рейс. 2 часа пересадки в Пекине - это прям впритык для первопроходцев. Не забудьте, что посадка на рейс заканчивается за 20 минут до вылета, т. е. на всё про всё у вас 1 час 40 минут.