Если мы зарегистрировались онлайн, но у нас есть багаж, есть какие то ограничения по времени, до скольки можно его сдать?

На внутренний рейс.

Вам бирки придется печатать, клеить и сдавать самостоятельно багаж. Во внутреннем терминале стоят стойки самостоятельной регистрации перед багажными лентами. Подозреваю, если регистрация в аэропорту уже будет закрыта, вы просто не распечатаете бирки для багажа.