У меня два гражданства ( Швеция, Россия) если я покажу на границе с Латвией два паспорта меня пропустят?

Да. При покидании РФ покажете паспорт РФ, в него поставят выездной штамп; при въезде в ЕС покажете паспорт Швеции.... На стороне РФ, скорее всего, попросят показать и паспорт Швеции, но это отдельно будет.