Есть ли проблемы какие-то если самостоятельно за бордерраном из Пхукета поехать ?

В большинстве своём проблем нет, сходили до границы Малайзии, вернулись, внесли вклад (в тайских батах) в развитие тайского погранперехода, получили штамп.

Лучше задайте себе вопрос, как вы будете решать проблемы, если они возникнут. И стоит ли это того. Платный бордер ран имхо итак самый дешевый способ продлить тут пребывание с гарантией результата.