Если я зарегистрирован как ИП Малый бизнес 1%, но один клиент резидент Грузии. Я же по нему отдельно должен 20% налога заплатить? Как это сделать?

Нет, по нему тоже 1%, но по таким клиентам после 100к лари/12 мес. нужно стать на учёт в качестве плательщика НДС и на доходы, подлежащие НДС, потом платить ещё +18% НДС.