После подачи на гражданство Болгарии в Москве выдают какой то номер регистрации, который отличается от входящего номера заявления, который дают в Софии.

Вадим, у вас ещё очень мало времени прошло с подачи документов в Москве, поэтому переживать не стоит. А узнать номер и ПИН код, который будет присвоен в министерстве правосудия делу на гражданство, можно только в консульстве в котором подавали, так как на гише 3 в МП на этот вопрос не ответят. Напиши на всякий случай в консульство, вдруг диппочта была в сентябре, но думаю что это будет прям успех если так быстро.