Можно ли оформить визу в Японию гражданину России, находясь в другой стране? Или только в посольстве Японии в России?

Если у Вас долгосрочные основания пребывания в другой стране.

Нельзя. Обращайтесь в консульство японии в стране, где находитесь, либо подавайтесь в России. Если хотите отправить паспорт в Россию подать через друзей, а у вас не будет штампа в паспорте о возвращении в страну, откажут.

Если есть внж (или иной легальный статус) этой страны то не проблема. Какие нужны документы — тоже смотреть на сайте соответствующего диппредставительства тк пакет доков может слегка отличаться от того что просят в диппредставительствах рф.