Кто летал в Японию, подскажите пожалуйста, если смотрю билеты на авиасейлс, там в тариф входит бесплатная отмена брони, захожу на сайт самой авиакомпании, смотрю тот же рейс, там нет такой функции. С чем это связано?

Ну потому что первый билет турагенство продаёт, а второй авиакомпания. 99% там разные тарифы.

Вы ещё прочитайте условия возврата, будет ли удержание как-либо суммы в случае возврата или обмена. Мало ли, чтобы потом сюрпризов не было.