У меня есть ИП в РФ и есть договор между этим ИП и заказчиком. Также есть ИП в Грузии на 1%.

Договор и инвойсы на грузинское ИП, ваше ИП РФ в налогам и доходу ИП Грузии никакого отношения не имеет.

Услуги на грузинское ИП должны поставляться по грузинскому ИП, а не по договору с ИП РФ.