Подскажите пожалуйста, насколько вероятно, что при поездке в Баку не пустят впоследствии в Ереван ?

Маловероятно. Тем более, если это всего лишь короткая поездка и вы гражданка "третьей страны". Зададут лишние вопросы, это может быть. Будьте готовы отвечать, зачем ездили и т. п. После этих расспросов обычно пропускают.