Подскажите, по ИП счетам открытым в Армении такой же порядок уведомления в налоговую РФ как и по счетам для физлиц? Т. е. нужно уведомлять.

Если пробудете вне РФ 183 дня и более, можете не уведомлять. IIRC с точки зрения уведомления о счетах, счета ИП в РА ФНС РФ будет рассматривать как лично ваши.