Подскажите для выставления счетов за выполненную работу сказали приобрести специальную программу для компании, кто-нибудь покупал?

Этих программ очень много. Есть и бесплатные.

Бухгалтер посоветовать может с какой удобно ему работать, нужно ещё отчётность сдавать, без него можно накосячить...