Подскажите пожалуйста, где можно поставить Апостиль на аттестат, если он выдан в небольшом городе, где и школ то не много. Какие учреждения, могут его ставить в области?

Министерство образования территориального субъекта.

В мин обр любого региона обращаетесь. Они сами его в ваш регион перешлют. если вы в своём регионе звоните в мин образования и записывайтесь на подачу документов.