Вылет в ОАЭ, через Кувейт, из Алматы. В сертификате стоит отметка Спутник Лайт. Ндо ПЦР делать? Написано "не позднее чем 48 часов до посадки на рейс", всё, не успели, на рейс не посадят?

Почему не успели? Сделайте сейчас. В аэропорту за час делают теперь.

Не правильно читаем, видимо. Он должен быть свежее, чем 48 часов. То есть если 50 часов с момента забора до вылета прошло, то уже не подходит.

Вообще не нужно, просто сделайте в бумажном варианте на русском и английском сертификат о вакцинации.