Подскажите: имею РВП Казахстана год, месяц назад подал на ВНЖ, пару дней назад выезжал из Казахстана в Россию, на один день

Да, нужно.

В течение трех дней обязаны. по идее у вас еще есть время.

Если не прошло более 3 рабочих дней с момента заезда, то пусть собственник сделает срочно уведомление, до вашего похода в миграционную. У собственника 3 рабочих дня, штраф не могут предъявить в таком случае.

Закон о миграции Статья 6. Общие условия въезда, выезда и пребывания иммигрантов Учет иммигрантов осуществляется органами внутренних дел на основании информации принимающих лиц, а также Комитета национальной безопасности Республики Казахстан, поступающей из пунктов пропуска через Государственную границу Республики Казахстан. Принимающие лица обязаны проинформировать органы внутренних дел о пребывающих у них иммигрантах в течение трех рабочих дней со дня их прибытия.