Есть ИП в РФ и ИП в Грузии. У РФ и Грузии нет соглашения о двойном налогообложении. Как правильно платить налоги? Можно ли доход, полученный в РФ переводить на счёт ИП Грузии и оплачивать 1% или с дохода в РФ в Грузии всегда нужно платить НДФЛ 20% ?

Ип это юр лицо, а ндфл платится только физиками.

ИП в РФ не имеет отношения к ИП в Грузии. Налоги оплачиваете по той деятельности, по которой ее ведет каждое ИП, там, где оно зарегистрировано. А НДФЛ уже - это отдельная история, его платите с стране проживания/гражданства/резидентства по законам страны. В Грузии на доходы ИП в РФ Вы ничего не должны, если это не деятельность грузинского ИП и Вы ее реально не осуществляете в Грузии.