Пока Израиль разрешает вылетать и по РФ заграну и по Даркону. Так что точный ответ на ваш вопрос - по тому, на который куплены билеты. Вы можете купить их указав данные Даркона или заграна РФ. Если загран РФ будете использовать - вас не спросят даже Даркон. Однако, если вы купите билеты по Даркону - по прилету в РФ вам нужно будет предъявить РФ загран на паспортном контроле.
Российскую границу вы обязаны проходить только по паспорту РФ, если у вас двойное гражданство. и выезжать из РФ только по РФ заграну. лететь можете как угодно до нового года. До конца года разрешено летать по паспортам страны исхода. вы можете вылететь и по даркону. но на РФ таможне обязаны показать РФ паспорт.
Если есть даркон - при вылете из Бен-Гуриона предъявляете даркон, при пересечении границы в России - российский, обратно - в обратном порядке. Так быстрее и проще. Можно вылетать из Израиля по российскому паспорту, но тогда на обратном пути придется в очереди постоять. По даркону въезжать в Россию не пробовал, но, по идее, нужны дополнительные документы, как для иностранца - обратные билеты, бронь гостиницы и т. д.
