Подскажите, пожалуйста, у меня два счёта для ИП, один в лари, другой долларовый. Какой лучше добавить в информационной карточке на сайте налоговой?

Добавится, скорее всего, только тот, который в лари. В ЛК счёт нужен для оплаты налогов, в первую очередь, НДС. Если не являетесь плательщиком НДС, можно вообще не добавлять.