Кто летел из НЕ столичных аэропортов России в Черногорию через Белград. На регистрации не дали комплект посадочных на рейс из Белграда - это значит в Белграде через выход в город снова на стойке регистрации нужно чекиниться?

Да, то же самое если летите через Стамбул.

В Белграде без выхода в город есть стойка где выдают посадочный на следующий рейс. Из Казани летели недавно.

В город выходить не нужно. Есть стойка для транзитных пассажиров. Там уже дают второй билет. Летом было очень много народа. Поэтому, если пересадка короткая, не стесняйтесь, подходите без очереди. А если времени много, наверное, можно и в город при желании выйти.