А можете порекомендовать как грамотнее и интереснее добраться от Киото до Токио?

Посетите нагою. вполне колоритно можно в канадзаву с их знаменитым кенроку парком, но на это по одному дню потратить, не более, из канадзавы уже можно поехать до токио и осаки но это имхо.

Так это ночёвка в этих маленьких городках понадобится. И долго, и по деньгам не то чтобы выигрыш. Мне сложно рекомендовать, тк не знаю ваших предпочтений. Но когда ездил кривым маршрутом - то либо через Каназаву (по пути также фукуи, тояма, нагано), либо через такаяму (пересадка в нагое). Такаяма очень хороша, а окрестности ещё краше. Но из такаямы дальше по jr неудобно, там снова на Каназаву можно автобусом через сиракава-го (культовой место), либо через Хираю онсен на Мацумото так же автобусом, а из Мацумото уже до Токио. Кстати, поезд из Мацумото тоже проходит через оцуки)))

можно добраться ночным автобусом willer express. на одного 5-6,5 тыс йен в зависимости от дня недели. он идет по побережью, судя по карте маршрута. они есть и не ночные, но захочется ли световой день терять в автобусе - вопрос открытый, идет около 8 часов.

Ещё посмотрите почтовые деревни Нараи, Магоме, Цумаго. Это по ветке Нагои-Мацумото, последние две поодаль от жд, так что там автобус или такси или пешком, но долго.